Либо 4.11-STABLE, на которых я трижды успешно проделал указанное, чем-то существенно отличаются от 4.11-RELEASE(-pN), либо в данной конкретной инсталляции FreeBSD 4.11-RELEASE-p11 что-то сильно поломано... Если в ядре есть options KTRACE, можно ещё сделать ktrace -i make clean all и потом kdump|less и посмотреть там в самый конец, по какому реально пути ищется bsd.port.options.mk.