Если бы порт был кому-то нужен в дереве, он бы там уже появился. Времени для этого было достаточно. Что касается "замены основного ntpd", то я против таких вещей - не вижу в этом никакого смысла, зато вижу напрашивание на неприятности - обновление базовой системы затрёт бинарник не той версией. Порты должны жить отдельно, тем более что нет никаких проблем сказать системе, какой именно ntpd она должна запускать.