Надо бы послать порт авторам FreeBSD для помещения в основное дерево портов. И хорошо бы иметь там опцию "заменить основной ntpd".

Надеюсь, при инсталляции порта будет сообщение о необходимости

echo 'xntpd_program="/usr/local/bin/ntpd"' >> /etc/rc.conf