> диски не позволяют модификаций системы

Для тестовых целей может быть достаточно. На самом деле диски просто жуткой

тормознутостью не годятся.

> usb - занимает весь объём носителя

У меня не занимает.

> не монтируется виндами

И это очень хорошо, не хватало ещё чтобы винда чего-нибудь там могла поменять.
Четвертый раздел на той же флешке - пусть монтирует, так и быть.

> ntfs - потому что во всех обычных системах флешка будет определяться как носитель информации (удобно просто переносить файлы)

NanoBSD (не забываем топик) служит не для переноса файлов под винду, для этого подойдет вообще любая пустая флешка.

> система в виде виндового exe - для простоты использования (юзер просто запускает файл)

NanoBSD делается ни разу не для десктопных виндовых юзеров.

> чтоб иметь возможность при его запуске прописывать boot loader на флешку

Не понял фразы. Boot loader на флешке с NanoBSD уже есть и может быть установлен с неё куда угодно.

> проверять настройки bios на всех компах с самой распространенной ОС

Проверка настроек BIOS выполняется вообще безо всяких флешек, средствами самого BIOS, независимо от наличия или отсуствия ОС и её состояния.

> чтобы переносить систему на новый носитель копированием одного файла

Лично я и так переношу NanoBSD на новый носитель одним копированием одного файла, командой dd.

> чтобы иметь N-кратную защищенность данных

Не понял фразы и отношения "защищенности данных" к ntfs.