LiveCD/DVD/USB - прошлый век. диски не позволяют модификаций системы, а usb - занимает весь объём носителя и не монтируется виндами

ntfs - потому что во всех обычных системах флешка будет определяться как носитель информации (удобно просто переносить файлы), система в виде виндового exe - для простоты использования (юзер просто запускает файл), чтоб иметь возможность при его запуске прописывать boot loader на флешку и проверять настройки bios на всех компах с самой распространенной ОС, чтобы переносить систему на новый носитель копированием одного файла, чтобы иметь N-кратную защищенность данных